Ordunun zirvesinde yıllar sonra Galatasaraylı Genelkurmay Başkanı dönemi başladı. Genelkurmay Başkanı Orgeneral Işık Koşaner Galatasaraylı. Emekliye ayrılan Orgeneral İlker Başbuğ gibi, ondan önce aynı görevi üstlenen emekli Org. Yaşar Büyükanıt da koyu Fenerbahçe taraftarıydı. Büyükanıt'tan önceki Genelkurmay Başkanlarından Hilmi Özkök 'Beşiktaş'lı, Hüseyin Kıvrıkoğlu da 'Fenerbahçeli' ydi.
Kuvvet komutanlıklarında da Fenerbahçe-Galatasaray rekabeti dikkat çekiyor. Kara Kuvvetleri Komutanı Org. Erdal Ceylanoğlu Fenerbahçe taraftarı. Org. Ceylanoğlu gibi, Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Eşref Uğur Yiğit de 'Sarı-Lacivert' renklere gönül veren komutanlardan biri. Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Hasan Aksay ise Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Necdet Özel'le birlikte Galatasaray'ı tutuyor.
