Ergenekon terör örgütü soruşturması kapsamında Zirve Yayınevi katliamıyla ilgili operasyonun bir ihbar e-postasıyla başladığı ileri sürüldü.Ergenekon Savcısı Zekeriya Öz'e gönderildiği belirtilen mailde, katil zanlısı Emre Günaydın'ı, dönemin Alay Komutanı Albay Mehmet Ülger'in yönlendirmesiyle İlahiyat Fakültesi Öğretim Üyesi Ruhi Abat'ın azmettirdiği iddia ediliyor.
Ali A. isimli imzasız ihbar mektubunun Malatya'dan gönderildiği belirtiliyor. İhbar mektubunda şu iddialar bulunuyor: "Yapılanları artık içim kaldırmıyor. Emre Günaydın'ı yönlendiren ve azmettiren kişi Komutanımız Mehmet Ülger'in yönlendirmeleriyle İlahiyat Fakültesi Öğretim Üyesi Ruhi Abat'tır. Ruhi Abat, yaklaşık 4-5 aydır, Alay Komutanımız Mehmet Ülger ile beraber çalışmaktaydı. Ruhi Abat'ı ilk irtibata geçiren kişi Üniversite Karakol Komutanı Halil İşler'dir. Daha sonra alay komutanımızla irtibatı ise Şeymuz kod adlı Mehmet Çolak uzman sağlamaktadır. Özellikle olay öncesinde ve sonrasında bu çalışmalar yoğunluk kazanmıştır. (...) Ayrıca olay öncesinde ve sonrasında da Ruhi Polat isimli şahısla da çok sıkı bir irtibat var. (...) Elde edebildiğim kadarıyla Ruhi Polat'ın telefonu 537 677 xx xx. Mehmet Çolak uzmanın telefonu ise 535 210 xx xx'dır. Daha fazla bilgiyi size açıklarsam beni de tespit ederler. Beni ortadan kaldırmak için hiç tereddüt etmeyecek kadar kendilerinden geçmişlerdir. Türkiye'nin daha büyük komplolarla karşı karşıya adına bunları açığa çıkarmanız umuduyla. Ali A. Malatya."
