2005 yılında Türk Silahlı Kuvvetleri'nden ihraç edilen Mesut Göğebakan, içeriden birisi olarak Balyoz darbe planıyla ilgili bildiklerini anlattı. "1. Ordu'da görev yapan herkesin plandan haberi vardı." diyen Göğebakan, 66'ncı Zırhlı Tugay'ın Balyoz'u hayata geçirmek için hazır tutulduğunu söyledi ve ekledi: "Eğer Çetin Doğan 2003 yılında kalp krizi geçirmeseydi, darbe girişimi fiilî olarak gerçekleşmiş olacaktı."
Camilerin bombalanması ve Ege'de Türk jetinin düşürülmesi gibi kanlı eylemler içeren Balyoz darbe planıyla ilgili eski Astsubay Mesut Göğebakan önemli açıklamalarda bulundu. Planın hazırlandığı dönemde Tekirdağ'ın Çorlu ilçesinde 1'inci Ordu Bölge Muharebe Birliği'nde görevli olan Göğebakan "Eğer Çetin Doğan 2003 yılında kalp krizi geçirmeseydi, darbe girişimi fiili olarak gerçekleşmiş olacaktı." dedi. 1. Ordu'da Balyoz darbe seminerine benzer birçok toplantının yapıldığını anlatan eski astsubay, bu toplantılara bütün askeri personelin katılımının zorunlu olduğunu söyledi. Ayrıca, 52'nci Zırhlı Tümen'e bağlı 66'ncı Zırhlı Tugay'ın Balyoz'u hayata geçirmek için hazır tutulduğunu ifade etti. "Çetin Doğan'ın darbe planı hazırladığını 1'inci Ordu'daki herkes biliyordu. Karargâhta görevli bir arkadaşım, bazı emekli paşaların Doğan'ı ziyaret ederek, darbeyi hiyerarşik yapı içerisinde yapması gerektiği yönünde tavsiyede bulunduklarını anlatmıştı." diyen Göğebakan, emekliye ayrılan Doğan'ın yerine geçen Hurşit Tolon'un da aynı hevesle çalışmalar yaptığını vurguladı.
Ağustos ayında mahkemenin Balyoz iddianamesini kabul etmesinden hemen sonra müdahillik dilekçesini İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderen Göğebakan, bunu öğrenen bazı askeri yetkililerin "Neden müdahil oldun?" ikazında bulunduğunu ifade ediyor. Göğebakan, Balyoz sanıklarının dış uzantılarının müdahilliklerini engellemeye çalışmalarının delilleri karartma niteliği taşıdığını savunuyor. Gaziantep'te avukatlık yaparak hayatını devam ettiren Göğebakan, cübbesiyle katılacağı davada atılacaklar listesinde adı geçen arkadaşları adına da hukuk mücadelesi vereceğini söylüyor.
Çetin Doğan'ın darbe planı hazırladığını 1'inci Ordu Karargâhı'ndaki herkesin bildiğini aktaran Göğebakan, "Karargâhta görevli bir arkadaşım, bazı emekli paşaların Doğan'ı ziyaret ederek, darbeyi hiyerarşik yapı içerisinde yapması gerektiği yönünde tavsiyeler verdiğini anlatmıştı." diyor. İstanbul'da konuşlu bulunan Sarıgazi ve Hadımköy EMASYA alay komutanlıklarının 66'ıncı Zırhlı Tugay'a bağlı olduğunu belirten Göğebakan, tugaya bağlı birliklerin ne taarruz ne de savunmaya yönelik hiçbir görevi olmadığını ve darbe girişiminde kullanılmak üzere hazır tutulduğunu iddia ediyor. Göğebakan, "TSK içerisinde pazartesi toplantıları çok önemlidir. Bu toplantılarda genel olarak birliklerin eksikleri üzerine konuşmalar yapılırdı. Fakat 2002 yılından itibaren artık bu konuşmaların yerini siyasi ve ideolojik söylemler aldı." diyor.